اکثر ساکنان جمهوری آذربایجان، مسلمان هستند. اندکی مسیحی و یهودی نیز در اذربایجان زندگی میکنند. سابقه حضور مسیحیت در این کشور به پیش از اسلام بر میگردد.[۱۵]امروزه مسیحیان این کشور تابع کلیسای ارتدوکس روسیه یا تابع کلیسای ارتدوکس ارمنستان هستند و برای تبلیغ دین خود در آذربایجان محدودیت قانونی ندارند.
بهائیت نیز در کشور آذربایجان حضور دارد.فرقه بهایی در قالب دو تشکل ثبت شده فعالیت میکند.
اسلام در قرن اول وارد این سرزمین شد. [۱۶] و جایگزین دین مسیحیت شد. در قرن چهارم هجری و با تسلط آل سالار بر این منطقه، تشیع اسماعیلی رواج یافت.[۱۷] و در قرن دهم و با تسلط صفویه بر این منطقه، تشیع دوازده امامی، مذهب مورد پذیرش اکثر ساکنان این منطقه شد.[۱۸] براساس آمار ۱۳۸۹ش/۲۰۱۰م حدود ۹۶٪ مردم اذربایجان مسلمان هستند.[۱۹] در بین اقوام ساکن آذربایجان، آذریها بزرگترین قوم شیعه و بعد از آن تالشها قرار دارند.[۲۰]هم اکنون بیش از ۸۰٪ مسلمانان این کشور، معتقد به شیعه، و بقیه سنی هستند.