این استان دارای پتانسیل بالایی در بخش معادن میباشد بهطوریکه دارای تنها ذخایر منیزیت ایران (شهرستان بیرجند و شهرستان سربیشه)،[۱۳] بزرگترین ذخیره و تنها معدن آزبست ایران (معدن حاجات نهبندان)[۱۴] بوده و ذخایر و معادن مهم اورانیوم در (شهرستان فردوس )، بنتونیت (شهرستان سرایان، سهقلعه)، گرانیت (بیرجند و سربیشه)، گل سفید (بیرجند)،[۱۵] بازالت (شهرستان سربیشه) در خراسان جنوبی مورد بهرهبرداری قرار میگیرد.
یکی دیگر از مهمترین معادن این استان، معدن مس قلعه زری واقع در جنوب غرب این استان (خوسف) است که به علت عیار طلای بالای آن در سطح جهان شناخته شدهاست
معادن ولاستونیت، کائولن، تراورتن، فلدسپات، بوکسیت، مارن، گچ، آهک، دولومیت، مرمریت، خاک صنعتی، سنگ لاشه و توف از دیگر معادنی هستند که در این استان در حال بهرهبرداری هستند.