مجاری ادراری ممکن است با ترتیبی از داروهای آنتی بیوتیک درمان شوند. معقول این است که آزمایش ادرار را پیش از شروع درمان به علت تعدادی از اجسام درگیر مقاوم برای شناخت باکتری انجام دهید. اگر شما درباره مجاری ادراری به پزشک مراجعه کردید برای گرفتن نمونه ادرار به تمیز بودن شیشه آزمایش توجه داشته باشید.
بیشتر آنتی بیوتیکها اغلب برای عفونت های مجاری ادراری تجویز شده (sulphonamide) هستند. پیامدهای جانبی نسبتا شایع است و می تواند جدی باشد مخصوصاً در کسانی که کلیه آسیب دیده دارند.
مجاری ادراری بعضی اوقات با nitrofurantoin (Furadantin, Macrodantin) درمان می شود. پیامدهای جانبی شامل تهوع، استفراغ، جوش، آسیب عصبی، ناراحتیهای تنفسی و بیماری کبدی است. از میان آنتی بیوتیک ها برای عفونت مجاری ادراری آمپی سیلین .و  تتراسیکلین تجویز می شود.