آتشکده نوبهار
نکتهٔ جالب توجه این است که این آتشکده بعدها به یکی از کانون‌های فعالیت بودایی تبدیل گشت و نقل‌است که چند تن از مقدسین بودایی در آنجا مدفون بودند. اما در این که چرا مرکز بودایی در شهر بلخ به وجود آمد، سخن بسیار است و هنوز این نکته به‌طور کامل روشن نشده‌است. عده‌ای از محققان برآنند که بعد از انقراض سلطنت هخامنشی بلخ از سایر نواحی ایران جدا شد و ارتباط نزدیکی بین باختر و هند برقرار گشت. گویند در سال ۲۶ پیش از میلاد، پادشاه هند آشوکا که دین بودایی داشت، مبشرینی برای ترویج این دین به سوی بلخ و قندهار فرستاد.
ع. پاشایی در کتاب بودا آورده‌است: خراسان گذشته، خاصه بلخ را به اعتبار وجود معبد نوبهار می‌توان سرزمین بودایی دانست. بوداییان در این معبد در برابر مجسمهٔ بودا به نماز می‌پرداختند. به گفتهٔ علی بن حسین مسعودی این معبد دینی دارای موقوفات زیاد بوده و پرده‌دار آن را «برمک» (برگرفته از واژهٔ سنسکریت پاراماکا प्रमुख، “پیشوا”) می‌نامیدند و این لقب برای کلیهٔ کسانی بود که افتخار سدانت نوبهار را داشتند و خاندان برمکیان را نیز بدین اسم خوانند، چون جد خالد بن برمک سدانت این خانه را داشت. بنای آن از نظر ساختمان از محکمترین بناهای روز بوده‌است. مسعودی اضافه می‌کند که بر سردر نوبهار نوشته‌ای به این مضمون به فارسی نوشته شده بود، پادشاهان را سه صفت لازم است: عقل و صبر و مال.
پس از ورود اسلام و در دوره حکومت اسلامی، معابد زرتشتیان و بودائیان از فعالیت بازماند یا تبدیل به مسجد شدند و عدهٔ زیادی هم تخریب شد. نوبهار یکی از معابدی بود که در زمان فضل برمکی به صورت مسجد جامع درآمد و بعداً نام مسجد نُه‌گنبد را کسب کرد. یعقوب لیث صفاری نیز در این کار سهم گرفته و حتی بقایای آثار نوبهار را که دارائی این سرزمین بود، برای خلیفهٔ عباسی به عنوان تحفه فرستاد و سر انجام توسط چنگیزخان تمام آبادی‌های بلخ همراه این بنای تاریخی که در آن زمان مسجد جامع شهر بود، ویران شد. امروزه به جز یکی از دروازه‌های شش‌گانه جنوبی شهر که به نام دروازه نوبهار است، اثر دیگری از آن نمانده‌است.[۳][۴]
تخریب در زمان خلافت معاویه
معاویه ولایت خراسان را به عبدالله بن عامر والی بصره داد و ابن عامر، قیس بن هیثم را بر خراسان گمارد.مردمان بادغیس و هرات و بلخ یه سرپیچی خود باقی بودند.پس قیس به بلخ رفت و نوبهار آنان را خراب کرد.کسی که این کار را کرد عطا بن سائب بود[
مشکل امثال شما می دونی چیه اینکه مثل قاطر پاتون را کردین تو یه کفش که یک دروغ ساسانی را به نام زرتشت را باور کنید و بواورونید و جور دیگری هم نتونید ببینیش…..زرتشت و بودا همزمان بودن ….لذا معبد احتمالا معبد مهری یا سیمرغی بوده نه زرتشتی…..اصلا مدارک شما از وجود زرتشت چیه ……اراجیف کرتیر مغ روانی؟ …..